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微生物多樣性測序（又稱擴增子測序），是指是利用二代/三代測序平臺對16S rRNA/18S rRNA/ITS/功能基因等特定區(qū)段的PCR產(chǎn)物進行高通量測序，獲得環(huán)境、人體等樣本中的微生物群落結(jié)構(gòu)、進化關(guān)系以及微生物與環(huán)境、宿主的相關(guān)性等信息。