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RNA Pull Down是根據已知的RNA序列，設計DNA模板，然后使用體外轉錄技術合成生物素標記的RNA探針，并與蛋白提取液進行孵育，形成RNA-蛋白質復合體。

使用鏈霉親和素磁珠純化富集RNA-蛋白質 復 合 體 ，將 富 集 到 的 蛋 白 質 進 行LC-MS/MS檢測，最終鑒定出與RNA互作的蛋白質。