DAP-seq（DNA親和純化測序）
200+物種，3000+轉(zhuǎn)錄因子實戰(zhàn)經(jīng)驗，無需抗體
高通量檢測轉(zhuǎn)錄因子或DNA結(jié)合蛋白在基因組上的結(jié)合位點
助力客戶發(fā)表高分文章Cell，Molecular Plant，Plant Biotechnology Journal，The Plant Cell，PNAS，Plant Communications，Journal of Integrative Plant Biology，New Phytologist，International Journal of Biological Macromolecules，Horticulture Research，Plant Physiology等。
- 技術(shù)簡介
- 服務(wù)列表
- 服務(wù)內(nèi)容
- 經(jīng)驗分享
- 常見問題
- 客戶文章
在功能基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)研究中，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點（TFBS）的發(fā)掘一直是研究熱點。傳統(tǒng)的ChIP-seq（染色質(zhì)免疫共沉淀測序）方法，在抗體質(zhì)量很好的情況下能夠有效檢測到TFBS。然而，好的抗體可遇不可求，這限制了ChIP-seq更廣泛的應(yīng)用。
DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn)，使TFBS 的研究不再局限于物種，不再受抗體質(zhì)量的限制，為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具。
DAP-seq與ChIP-seq技術(shù)對比
| 技術(shù)名稱 | DAP-seq | ChIP-seq |
| 實驗?zāi)Ｊ?/span> | 體外 | 體內(nèi) |
| 是否需要特異性抗體 | 否 | 是 |
| 是否適用于非模式物種 | 是 | 否 |
| 時間成本 | 低 | 高 |
| 是否高通量 | 是 | 否 |
藍景科信擁有200+物種，3000+轉(zhuǎn)錄因子的實驗經(jīng)驗，周期短，口碑好，助力客戶發(fā)表高分文章Cell，Molecular Plant，Plant Biotechnology Journal，The Plant Cell，PNAS，Plant Communications，Journal of Integrative Plant Biology，New Phytologist，International Journal of Biological Macromolecules，Horticulture Research，Plant Physiology等。
參考文獻：
O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.
2016-Cell-DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape.pdf
Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.
2017-Nature Protocols-Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq.pdf
| 服務(wù)項目 | 周期 | 交付結(jié)果 | 報價 |
| 蛋白表達載體構(gòu)建 | 1-2周 | 構(gòu)建載體的測序結(jié)果 實驗過程圖 原始測序數(shù)據(jù) 分析結(jié)果 | 詳細(xì)報價請電詢400-6187099 或15632249798 |
| 蛋白無細(xì)胞表達 | 1-2周 | ||
| DAP-seq文庫構(gòu)建 | 1周 | ||
| DNA親和純化 | 1-2周 | ||
| 上機測序 | 2周 | ||
| 標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析 | 2周 |
| 實驗流程 |
| 生信分析 |
|
|
| 項目可行性分析 |
開展項目之前，我們會根據(jù)您具體的轉(zhuǎn)錄因子做可行性分析報告，供您參考，從多個方面進行可行性分析，包括轉(zhuǎn)錄因子分子量，亞細(xì)胞定位預(yù)測，跨膜區(qū)預(yù)測，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測、翻譯后修飾預(yù)測，并且根據(jù)文獻報道和我們的經(jīng)驗來進行可行性分析。
| 已做物種 | ||||||||
| 植物 | ||||||||
| 擬南芥 | 莖瘤芥 | 甘藍型油菜 | 白菜型油菜 | 不結(jié)球白菜 | 菜心 | 小麥 | 大麥 | 花生 |
| 辣椒 | 番茄 | 草莓 | 黃花棘豆 | 苦蕎 | 紅薯 | 木薯 | 馬鈴薯 | 普通煙草 |
| 人參 | 鴨茅 | 玫瑰 | 甘蔗 | 短芒大麥草 | 二色補血草 | 煙草 | 百脈根 | 芍藥 |
| 丹參 | 狗尾草 | 菠菜 | 玉米 | 大豆 | 高粱 | 藜麥 | 陸地棉 | 甜瓜 |
| 黃瓜 | 葡萄 | 灰氈毛忍冬 | 粉葛 | 三葉青 | 獼猴桃 | 香蕉 | 蒺藜苜蓿 | 紫花苜蓿 |
| 伴礦景天 | 苔蘚 | 地錢 | 毛果楊 | 717楊 | 84K楊 | 小黑楊 | 胡楊 | 山新楊 |
| 小葉楊 | 歐美楊 | 大青楊 | 毛白楊 | 剛毛檉柳 | 白樺 | 光皮樺 | 油松 | 毛竹 |
| 麻竹 | 銀杏 | 油桐 | 荔枝 | 柑橘 | 甜橙 | 歐洲云杉 | 核桃 | 柿子 |
| 閩楠 | 木荷 | 臍橙 | 板栗 | 棗 | 枳 | 杜梨 | 蘋果 | 桃 |
| 櫻桃 | 麻瘋樹 | 茶樹 | 梅 | 月季 | 海島棉 | 白木香 | 橡膠樹 | 三角褐指藻 |
| 芥藍 | 藍花耬斗菜 | 鹽芥 | 無花果 | 菠蘿 | 西瓜 | 甘薯 | 竹葉花椒 | |
| 動物 | ||||||||
| 驢 | 飛蝗 | 新孢子蟲 | 煙粉虱 | 草地貪夜蛾 | ||||
| 真菌 | ||||||||
| 擬輪枝鐮孢菌 | 豬苓真菌 | 意大利青霉 | 草酸青霉 | 腐霉 | 金黃殼囊孢 | 靈芝 | 糙皮側(cè)耳 | 草菇 |
| 灰蓋鬼傘 | 蟲草 | 亞洲鐮刀菌 | 蝗綠僵菌 | |||||
| 細(xì)菌 | ||||||||
| 路德維希腸桿菌 | 嗜熱厭氧桿菌 | 生氮假單胞菌 | 伯克赫爾德氏菌 | 布魯氏菌 | 肺炎克雷伯菌 | |||
1.DAP-seq原理是什么,技術(shù)流程是什么，能幫我解決什么樣的問題?
原理：體外表達的蛋白和DNA進行親和純化，將與蛋白結(jié)合的DNA洗脫后進行高通量測序。
技術(shù)流程：將編碼轉(zhuǎn)錄因子的CDS序列構(gòu)建到含有親和標(biāo)簽的載體中，構(gòu)建蛋白表達載體，進行體外蛋白表達，形成轉(zhuǎn)錄因子和親和標(biāo)簽的融合蛋白；提取樣品的基因組DNA，構(gòu)建DNA文庫，然后將體外表達的帶有親和標(biāo)簽的轉(zhuǎn)錄因子和DNA文庫進行結(jié)合，隨后把結(jié)合的DNA洗脫后上機測序。
能幫助您快速找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，尋找轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因。
技術(shù)服務(wù)流程：
2.需要提供什么材料？
需要您提供
（1）組織材料或者是提取好的基因組DNA；
（2）含有轉(zhuǎn)錄因子CDS序列的質(zhì)粒。
3.分析結(jié)果包括哪些內(nèi)容？
藍景科信DAP-seq的生信分析包括以下內(nèi)容：
1. 對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量 reads 的處理
2. 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
3. 參考序列比對分析
4. 測序reads富集區(qū)域掃描（peak calling）
5. Peak在基因功能元件上的分布統(tǒng)計
6. Peak序列模式發(fā)掘（motif search）
7. 已知motif注釋
8. Peak相關(guān)基因鑒定
9. Peak相關(guān)基因的GO和KEGG富集分析
10. 測序數(shù)據(jù)的可視化分析
4.實驗的成功率怎么樣？
不同轉(zhuǎn)錄因子家族的成功率不同，請參考不同轉(zhuǎn)錄因子家族的DAP-seq成功率：
不同轉(zhuǎn)錄因子家族成功率 | |||
轉(zhuǎn)錄因子 家族類型 | 該家族已做 轉(zhuǎn)錄因子的數(shù)量 | 成功鑒定到Motif的 轉(zhuǎn)錄因子數(shù)量 | 該家族轉(zhuǎn)錄因子的 成功率 |
C2H2 | 151 | 27 | 18% |
bHLH | 137 | 18 | 13% |
AP2-EREBP | 133 | 74 | 56% |
C3H | 129 | 9 | 7% |
MYB | 116 | 55 | 47% |
MADS | 86 | 10 | 12% |
NAC | 76 | 51 | 67% |
MYB-related | 71 | 26 | 37% |
WRKY | 65 | 34 | 52% |
ND | 60 | 5 | 8% |
Homeobox | 43 | 13 | 30% |
ABI3-VP1 | 40 | 7 | 18% |
bZIP | 38 | 29 | 76% |
G2-like | 37 | 17 | 46% |
LOB-AS2 | 35 | 8 | 23% |
Orphan | 35 | 3 | 9% |
C2C2-CO-like | 34 | 2 | 6% |
C2C2-DOF | 32 | 21 | 66% |
C2C2-GATA | 28 | 13 | 46% |
HB | 27 | 10 | 37% |
Trihelix | 27 | 13 | 48% |
TCP | 26 | 13 | 50% |
mTERF | 23 | 1 | 4% |
GeBP | 19 | 2 | 11% |
HSF | 17 | 10 | 59% |
SBP | 16 | 8 | 50% |
ZF-HD | 14 | 6 | 43% |
ARF | 12 | 3 | 25% |
CCAAT-HAP5 | 12 | 2 | 17% |
FAR1 | 12 | 1 | 8% |
FHA | 12 | 1 | 8% |
HMG | 12 | 1 | 8% |
CCAAT-HAP3 | 11 | 2 | 18% |
PLATZ | 11 | 1 | 9% |
ARID | 10 | 5 | 50% |
LIM | 10 | 1 | 10% |
BSD | 9 | 1 | 11% |
CPP | 8 | 4 | 50% |
GRF | 8 | 2 | 25% |
REM(B3) | 8 | 1 | 13% |
SRS | 8 | 1 | 13% |
BBR/BPC | 7 | 3 | 43% |
E2F-DP | 7 | 4 | 57% |
BZR | 6 | 4 | 67% |
C2C2-YABBY | 6 | 1 | 17% |
CAMTA | 5 | 2 | 40% |
EIL | 5 | 2 | 40% |
REM | 5 | 1 | 20% |
DBP | 4 | 1 | 25% |
NLP | 4 | 1 | 25% |
RAV | 4 | 1 | 25% |
RWP-RK | 4 | 2 | 50% |
S1Fa-like | 3 | 1 | 33% |
BES1 | 2 | 1 | 50% |
zf-GRF | 1 | 1 | 100% |
此表數(shù)據(jù)來源文獻，doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038。
5.為什么有些基因家族的成功率很低？
有些轉(zhuǎn)錄因子需要和其他蛋白形成復(fù)合體才能與DNA結(jié)合，這些蛋白的風(fēng)險比較高。
6.一些特殊的樣品能不能做，有沒有風(fēng)險？
有兩種情況的樣品是不能做DAP-seq 實驗的，一種情況是沒有參考基因組，另一種情況是轉(zhuǎn)錄因子不能在體外表達出來，除此之外，我們會做可行性分析報告供您參考。
7.包含重復(fù)嗎？
包含兩個技術(shù)重復(fù)。
8.做這個蛋白表達的時候，使用的什么表達系統(tǒng)？
優(yōu)先使用真核表達系統(tǒng)進行蛋白表達，如果真核表達系統(tǒng)不能表達成功的話可以溝通換用原核表達系統(tǒng)。
9.植物組織樣本取樣的時期部位有什么要求？
植物組織樣本取樣的時期和部位是您根據(jù)自己的研究需求確定，不同組織和時期DNA的修飾不同，可能會影響蛋白和DNA的結(jié)合。
10.DAP-seq試驗結(jié)果的可靠性如何，是否能通過驗證試驗做出來？
可以參考2019-JXB-Populus euphratica PeWRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance這篇文獻，文獻中是使用DAP-seq技術(shù)，在基因組水平上，鑒定了PeWRKY1轉(zhuǎn)錄因子與胡楊基因組DNA的結(jié)合位點信息，并通過酵母單雜交、EMSA、熒光素酶檢測系統(tǒng)驗證了這一結(jié)果。
11.DAP-seq跟ChIP-seq有何區(qū)別,DAP-seq的優(yōu)勢表現(xiàn)在哪里?
DAP-seq和ChIP-seq的區(qū)別：
DAP-seq的優(yōu)勢：不需要針對每個轉(zhuǎn)錄因子制備特異性抗體，快速、高通量、節(jié)約時間成本。
12、DAP-seq用的input是什么，為什么選這個作為對照呢？
Input對照是用的親和純化前的文庫，目的是降低背景噪音，我們用的Input和2016年發(fā)表在Cell（DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape）上的論文是一致的。
13、為什么實驗中表達的有些蛋白比理論值偏大？
很多蛋白表達出來比理論值大一些，因為有一些翻譯后修飾，很多情況都是這樣的，原核表達也有這類情況，比如擬南芥SnRK蛋白激酶，預(yù)測40 kd，通過原核表達，實際分子量是60 kd。
| 題目 | 期刊 | IF | 發(fā)表日期 |
Heterologous expression of the barley-specific HvbZIP87 transcription factor in wheat enhances broad-spectrum disease resistance with balanced yield | J. Adv. Res. | 11.4 | 2025.5.6 |
Chromosome-level genome assembly assisting for dissecting mechanism of anthocyanin regulation in kiwifruit (Actinidia arguta) | Mol Hortic | 10 | 2025.4.1 |
The Intronic Structure Variation of Rapeseed BnaC3.LEAFY Regulates the Timing of Inflorescence Formation and Flowering | Plant Commun | 9.4 | 2025.3.15 |
OsNLP3 and OsPHR2 orchestrate direct and mycorrhizal pathways for nitrate uptake by regulating NAR2.1-NRT2s complexes in rice | PNAS | 9.4 | 2025.2.18 |
Volatilome-based GWAS identifies OsWRKY19 and OsNAC021 as key regulators of rice aroma | Mol Plant | 17.1 | 2024.11.11 |
The transcription factor MYC2 positively regulates terpene trilactone biosynthesis through activating GbGGPPS expression in Ginkgo biloba | Hortic Res | 7.6 | 2024.8.9 |
GhSBI1, a CUP-SHAPED COTYLEDON 2 homologue, modulates branch internode elongation in cotton | Plant Biotechnol J | 10.1 | 2024.7.26 |
| MYB-related transcription factors control chloroplast biogenesis | Cell | 45.5 | 2024.7.23 |
Arabidopsis WRKY1 promotes monocarpic senescence by integrative regulation of flowering, leaf senescence and nitrogen remobilization | Mol Plant | 17.1 | 2024.7.13 |
The MdHSC70-MdWRKY75 module mediates basal apple thermotolerance by regulating the expression of heat shock factor genes | Plant Cell | 10 | 2024.6.12 |
MdVQ17 negatively regulates apple resistance to Glomerella leaf spot by promoting MdWRKY17-mediated SA degradation and pectin lyase activity | Hortic Res | 7.6 | 2024.6.7 |
The MdVQ37-MdWRKY100 complex regulates salicylic acid content and MdRPM1 expression to modulate resistance to Glomerella leaf spot in apples | Plant Biotechnol J | 10.1 | 2024.4.29 |
Contribution of the transcription factor SfGATAe to Bt Cry toxin resistance in Spodoptera frugiperda through reduction of ABCC2 expression | Int J Biol Macromol | 7.7 | 2024.4.7 |
GhRCD1 promotes cotton tolerance to cadmium by regulating the GhbHLH12-GhMYB44-GhHMA1 transcriptional cascade | Plant Biotechnol J | 10.1 | 2024.2.13 |
The transcription factor MdBPC2 alters apple growth and promotes dwarfing by regulating auxin biosynthesis | Plant Cell | 11.6 | 2023.11.29 |
GhRCD1 regulates cotton somatic embryogenesis by modulating the GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18 transcriptional cascade | New Phytol | 9.4 | 2023.7.11 |
A transcription factor of the NAC family regulates nitrate-induced legume nodule senescence | New Phytol | 10.323 | 2023.3.22 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii | Mol Plant | 21.949 | 2023.2.9 |
